Proistorės ir ankstyvosios istorijos muziejus Berlyne buvo įkurtas 1829 metais, kaip “Tėviškės senienų rinkinys”, kurio pagrindas – Prūsijos karalių “Pagoniškųjų senienų” kolekcija. 1838 metais buvo išleistas pirmasis katalogas, pavadintas “Karališkasis Tėviškės senienų muziejus Monbijou pilyje Berlyne”, kurį parengė pirmasis “Tėviškės senienų rinkinio” direktorius Leopoldas Freiherris von Ledeburas. Šis katalogas yra svarbus šaltinis ir mūsų dienomis. 200 lapų leidinyje, kuriame yra šeši iliustracijų lapai, aprašyti 3500 eksponatų. 1869 metais muziejaus direktoriumi tapus Adolfui Vossui, pasikeitė rinkinių sudarymo politika. Vossas nusprendė, kad muziejaus interesas turi būti ne tik Prūsija ir Vokietija, bet ir visa Europa. Radiniai pradėti klasifikuoti ne chronologine, bet geografine tvarka. 1871 metais Berlynas tapo Reicho sostine, ekonominis pakilimas leido Karališkajam muziejui įsigyti vis daugiau eksponatų – nuo 1874 iki 1906 metų jų padaugėjo devynis kartus. Berlyno muziejus buvo aukštesnio statuso įstaiga nei provincijų muziejai, nes apie visus Prūsijos teritorijoje aptiktus radinius buvo privaloma pranešti būtent Berlyno muziejui. Vėliau muziejaus vadovais buvo Carlas Schuchhardtas (1859–1943) ir Wilhelmas Unverzagtas (1892–1971). Pastarasis atsakingas už dalies muziejaus kolekcijos praradimą Antrojo pasaulinio karo metu. Iki pat karo pabaigos jis neevakavo muziejaus kolekcijos, o vėliau, nors ir paslėpė vertingiausius daiktus, pats juos perdavė Rusijos valdžios atstovams. 1958 metais kai kurie muziejaus eksponatai buvo grąžinti į Vokietiją (Vokietijos Demokratinę Respubliką). Jie atiteko 1963-iaisiais Rytų Berlyne įsteigtam Proistorės ir ankstyvosios istorijos muziejui (Museum für Ur- und Frühgeschichte). Po Vokietijos suvienijimo abu muziejai buvo sujungti, muziejaus direktoriumi nuo 1989 iki 2008 metų buvo Wilfriedas Menghinas. Jo vadovavimo metu įsteigta Šiaurės rytinės Vidurio Europos archeologinių radinių ir duomenų rinkinių tyrimų komisija (KAFU – Komission zur Erforschung Sammlungen Archäologischen Funde und Unterlagen aus dem Nordöstlicher Mittelleuropa), kurios vadovas visada yra mūsų muziejaus direktorius.
Pirmieji radiniai iš šiandieninės Lietuvos teritorijos, būtent iš Klaipėdos krašto, į muziejų pateko iškart po jo įsteigimo. 1895 ir 1903 metais muziejaus direktoriaus asistentas Alfredas Götze kasinėjo Andulių kapinyne. Paskutiniai radiniai buvo nupirkti XX amžiaus trečiajame ir ketvirtajame dešimtmetyje. Dauguma iš dabartinės Lietuvos teritorijos į Berlyno muziejų patekusių radinių buvo pirkta iš privačių asmenų, yra iš buvusio Klaipėdos krašto, suinventorinta Rytprūsiams skirtoje inventorinėje knygoje. Iš likusios Lietuvos dalies muziejus pirko radinių trečiajame ir ketvirtajame dešimtmetyje ir jie suinventorinti senosiose Vakarų Rusijai skirtose inventorinėse knygose. 1945 m. vasario 3 d. muziejaus pastatas buvo sunaikintas amerikiečių oro antskrydžio metu, tada sudegė 300 dėžių su įvairiais eksponatais. 1944-ųjų pabaigoje–1945-ųjų pradžioje dauguma muziejaus eksponatų buvo išvežti į įvairias Vokietijos vietas, daugiausia rytinėje dalyje. Todėl jie vėliau pateko į įvairius Sovietų Sąjungos muziejus. Šiandien muziejuje nebėra beveik 80% radinių iš Klaipėdos krašto, o iš viso muziejus neteko apie 40–60% eksponatų. Daugelis radinių šiandien yra Maskvos ir Sankt Peterburgo muziejų saugyklose.
Seniausi radiniai iš Lietuvos teritorijos, išlikę Proistorės ir ankstyvosios istorijos muziejuje Berlyne, – tai 4 kauliniai strėlių antgaliai iš Paupių dvaro, datuojami mezolitu. Anksčiausiai į muziejų patekę eksponatai – akmeniniai kirviai iš Nidos, kuriuos 1839 metais padovanojo D. Kuhnas. Vėliausiai į muziejų patekęs radinys iš dabartinės Lietuvos teritorijos – bronzinė kirvio liejimo forma iš Dovilų apylinkių, kurią muziejus įsigijo 1939-aisiais. Bronzos amžiaus radiniams priklauso ir iš Martino Augstinnio pirkti radiniai iš Bajorų.
Iš “tikrosios” Lietuvos teritorijos muziejuje yra radinių iš trijų vietovių: iš Kretuono (Kretony), kur Pirmojo pasaulinio karo metais vietos gyventojų nurodytus prancūzkapius ir švedkapius kasinėjo karo teismo narys (Kriegsgerichtsrat) Franzas Bernsas, apie savo kasinėjimus 1918-ųjų liepą jis paskelbė žinutę kariuomenės laikraštyje “Der Beobachter”; iš Piliakalnio, esančio 3 km į pietus nuo Ceikinių (Zeikine) (tai greičiausiai Kačėniškės piliakalnis, esantis 3 km į pietus nuo Ceikinių (Ignalinos r.) (red. past.)), kur tas pats F. Bernsas rado akmeninių įrankių, kaulų ir dvi kaulines adatas, o informaciją apie kasinėjimus paskelbė 1917 m. birželio 28 d. laikraštyje “Wilnaer Zeitung”, ir iš Lentupio (Lyntupy), tačiau tikslesnės informacijos apie šių radinių kilmę nėra.
Dauguma radinių iš Klaipėdos krašto – tai radiniai iš kapinynų. 1899 m. vasario 21 d. į muziejų atkeliavo dėžė su radiniais iš Kopūstų kaimo (buv. Clausputzen, Kr. Memel). Juos atsiuntė Jons Jagutiis, savo žemėje 1897 ir 1899 metais kasinėjęs kapinyną, Senovės draugijos “Prussia” (Altertumsgesellschaft Prussia) vadovas Adalbertas Bezzenbergeris 1895-aisiais pardavė radinių iš Vėžaičių kapinyno. Tačiau daugiausia radinių iš Lietuvos į Berlyno muziejų pateko iš Andulių kapinyno. Privatūs asmenys ir archeologai Berlyno muziejui atiduodavo radinių XIX amžiaus paskutiniame dešimtmetyje–XX amžiaus pirmajame dešimtmetyje. Buvo iškasta daugiau nei 800 šio kapinyno kapų, datuojamų nuo II iki XIII amžiaus. Berlyno muziejuje šiuo metu išlikę tik keletas daiktų, atrodo, kad kiti radiniai šiuo metu saugomi Valstybiniame istorijos muziejuje Maskvoje. Remiantis Berlyno muziejuje išlikusia dokumentacija galima rekonstruoti kelis šimtus kapų kompleksų. Jos pagrindu lenkų ir lietuvių mokslininkai rengia bendrą darbą apie Andulių kapinyną.
Apibendrinant galima teigti, kad nors Lietuva nebuvo pagrindinis regionas, iš kurio Berlyno muziejus kaupė archeologinius radinius, šioje institucijoje saugoma medžiaga visiškai reprezentavo Lietuvos proistorę.